Az Interdiszciplináris Doktori Iskola (a továbbiakban IDI) előzményének az Ormos Mária akadémikus vezette Európa és a magyarság a 19–20. században c. Doktori Program tekinthető, mely 1993-ban, az országban az elsők között nyerte el akkreditációját és az 1994/1995-ös tanévben indult, 2024-ben már 30. éves jubileumát ünnepelheti. A modernkori program mellett fokozatosan újabb programok megalapítására került sor. Először a történelem szak többi történelmi korszaka (középkor, ókor) szerveződött önálló programokba, majd a történészekkel korábban is együttműködő Néprajz- és Kulturális Antropológia Tanszék mellett jött létre program, illetve a politikatudomány is saját programmal csatlakozott.

A MAB plénuma 2002-ben engedélyezte, hogy Interdiszciplináris Doktori Iskola néven 2 tudományterületen (6. Bölcsészettudományok és 5. Társadalomtudományok), illetve 3 tudományágban (6.1 Történelemtudományok, 6.7 Néprajz és kulturális antropológia, 5.5 Politikatudományok) doktori képzést és habilitációs eljárást folytasson.

A MAB az iskolát 2019 júliusában – a működési feltételek folyamatos biztosítása esetén – 2024. július 19-ig 14 megfelelt törzstaggal akkreditálta. Az IDI törzstagjai 2021 őszén a következők: Prof. Dr. Grüll Tibor, Prof. Dr. Fedeles Tamás, Prof. Dr. Sashalmi Endre, Prof. Dr. Hornyák Árpád, , Dr. Bebesi György, Dr. Bánkuti Gábor, Prof. Em. Dr. Font Márta, Prof. Em. Dr. Visy Zsolt, Prof. Em. Dr. Fischer Ferenc (történelemtudományok); Pálné Prof. Dr. Kovács Ilona, Prof. Dr. Kákai László, Prof. Dr. Tarrósy István (politikatudományok); Prof. Dr. Vargyas Gábor, Prof. Dr. Nagy Zoltán, Prof. Em. Dr. Kisbán Eszter, Dr. Farkas Judit, (néprajz- és kulturális antropológia).

Jelenleg az IDI-nek már hat programja működik, 2021-ben engedélyezte az Oktatási Hivatal az angol nyelvű képzést. Az alapítástól Ormos Mária (történelemtudományok), majd Kisbán Eszter (néprajz- és kulturális antropológia), őt követően Fischer Ferenc (történelemtudományok) volt az iskola vezetője, 2020 februárjától Pálné Prof. Dr. Kovács Ilona akadémikus (politikatudományok) vezeti az Interdiszciplináris Doktori Iskolát.