A PTE BTK Történettudományi Intézete jogelődjének az 1912-ben létesített, majd Pécsre költöző, az oktatást városunkban 1923 őszétől megkezdő Magyar Kir. Erzsébet Tudományegyetem két történeti intézete, az 1914-ben alapított Magyar Történelmi Intézet és az 1918-ban megszerveződő Világtörténelmi Intézet tekinthető, melyek 10-12 neves oktatóval (nagyobb részük akadémikus volt) országos színvonalú történészképzést honosítottak meg. A kutatási területek között megtaláljuk a helytörténetet, a művészettörténetet, a környező népek történetét és velük való kapcsolatokat, a középkori történelmet, az újkori történelmet és az egyháztörténetet, melyek mindegyike ma is megtalálható az intézet kutatási tevékenységében. 1938-tól külön Ókortörténeti és Archeológiai Intézet létesült. Az 1940. évi XXVIII. törvénycikk értelmében „átmenetileg” bezárt bölcsészkart és vele a történeti intézeteket 1945 után sem állították vissza.
A Bölcsészettudományi Kar helyett a radikálisan megváltozott politikai körülmények közepette, illetve ezek hatására a szellemiségében és szervezetében átalakított közoktatás tanárigényének kielégítése érdekében 1948-ban létrejött a Pécsi Állami Pedagógiai Főiskola, amely 1962-től 1982-ig Pécsi Tanárképző Főiskola néven működött. Az immár főiskolai keretek között létesült Történelem Tanszék így már a történelemtanárok képzését szolgálta. Ugyanakkor a pedagógusképzés számára releváns területeken a tudományos kutatás is újraindult.
A képzés szerkezete és a tanszék személyi állománya jelentős változásokon ment keresztül az idők során. 1950‒1954 között kétéves és háromszakos, 1954‒1959 között hároméves és kétszakos, 1959‒1964 között négyéves és háromszakos képzés indult, amit 1964‒ben váltott fel a kétszakos és négyéves képzés, melynek keretében az utolsó évfolyam 1986-ban szerezte meg általános iskolai tanári diplomáját.
A tanszék vezetője 1948‒1951 között Wittman Tibor volt, aki pécsi működését követően megalapította a szegedi József Attila Tudományegyetem világhírűvé vált Latin-Amerika-iskoláját. Őt 1972-ig Vas Károly, a kiváló tantárgypedagógus követte, akinek módszertani jegyzetéből nemcsak a többi tanárképző főiskola, hanem a tudományegyetemek történelemszakos diákjai is tanultak. 1972‒1982 között egy példamutató tanáregyéniség, Dénes Béla vezette a tanszéket.
Az 1964-et követő közel két évtized során a Pécsi Tanárképző Főiskola az ország egyik legszínvonalasabb főiskolájává vált. A történelem oktatása is túlléphetett a kész tananyag – korábban jellemző ‒ didaktikus átadásán; egyre inkább az önálló tananyag-feldolgozás és a szemináriumi viták dominálták a képzést. Ennek az oktatómunkának erénye volt a – jóllehet, az egyetemi tananyaghoz képest kisebb mennyiségű – történeti ismeretek szisztematikus és alapos elsajátítására épülő, színvonalas szakmódszertani képzés. Felkészült történelemtanárok sokasága – 1951 és 1986 között mintegy 3300 fő – került ki Pécsről a Dunántúl általános iskoláiba. Közülük sokan – az egyetemi kiegészítő szak elvégzését követően – középiskolákban folytatták a tanítást.
1981 végén megszületett ‒ a Pécsett 1945 óta várt és remélt ‒ kormányzati döntés, melynek értelmében 1982. január elsejétől a Pécsi Tanárképző Főiskola a Janus Pannonius Tudományegyetem Tanárképző Karaként folytathatja tovább oktató tevékenységét. A Tanárképző Főiskola Történelem Tanszékén folyó színvonalas munkának is szerepe volt abban, hogy a történelem az elsőként indult egyetemi szakok között szerepelt. Negyvenkét év elteltével, 1983-ban újra megindulhatott az általános és középiskolai tanárok történelem szakos, öt éven át tartó, egyetemi szintű képzése – az első években csak idegen nyelvekkel (angol és orosz) párosítva. 1992. január elsejétől a Janus Pannonius Tudományegyetem Tanárképző Kara kettévált Bölcsészettudományi Karrá és Természettudományi Karrá.
Változások jellemezték az egyetemi történészképzés szervezeti kereteit is. A Budapestről és más városok egyetemeiről, kutatóintézeteiből, múzeumaiból érkezett új oktatókkal kibővített létszámú, 13 fős, változatlanul egységes Történelem Tanszék élére Polányi Imre egyetemi docens került. 1986 elejétől a Történelem Tanszék, a Német Tanszék és a Horvát-Szerb Tanszék összevonásával kialakították az Ormos Mária egyetemi tanár és rektor irányítása alatt működő Történettudományi és Nemzetiségi Intézetet. 1990-ben ennek felosztása során jöttek létre a mai is működő tanszékeink: az Ókortörténeti és Régészeti Tanszék kezdetben Dr. Tóth István (†) vezetésével, a Középkori és Koraújkori Történeti Tanszék Dr. Barta Gábor (†) irányításával, az Újkortörténeti Tanszék Dr. Majoros István, illetve a Modernkori Történeti Tanszék Dr. Polányi Imre (†) vezetésével.
Több fontos máig ápolt hagyomány – részben az 1940 előtti időszakra is visszanyúlva – szintén ezekben az években honosodott meg. Így az egyetemes és magyar történelem egységként kezelése, a Kárpát-medence népeinek megjelenése a tantervben, amire maga a multietnikus környék is kötelez bennünket, a helytörténeti elkötelezettség, az egyháztörténeti kutatások, a kvantitatív módszerek oktatása.
A tanszékek száma a későbbiekben tovább gyarapodott. A 2000-es évek elején Dr. Visy Zsolt vezetésével önállósodott a Régészet Szeminárium, mely 2008 óta önálló tanszékként működik. 2007-ben a Németországi Szövetségi Köztársaság finanszírozásával létesült a Német Történelem és Kultúra Délkelet-Közép-Európában Alapítványi Tanszék melynek élére Dr. Gerhard Seewann került.
Az 1990-es években, de még inkább a 2000-es években a meredeken emelkedő hallgatói létszámmal párhuzamosan az oktatói létszám is 30 fölé emelkedett, rövid ideig a 40-et is megközelítette. Közben a történelem tanszékeket folyamatos innováció jellemezte, melynek köszönhetően beindult levelezőképzés, doktori program, majd programok létesültek, létrejött egy akadémiai kutatócsoport, majd különféle helyi kutatócsoportok is.
A szervezetileg önálló tanszékek az egyre bővülő képzési portfólió (tanárképzés mellett történészképzés, majd 2004-től régészképzés, 2006-tól az alap-, illetve mesterképzések, hon- és népismeret tanári képzés), a záróvizsgák, illetve egyéb közös ügyek koordinálására történelem tanszékcsoportot hoztak létre, melynek vezetését évente váltva az egyes tanszékvezetők látták el.
A kari struktúra változása és az intézetesítés elérte a történelem és régész tanszékeket is, melyek 2008. szeptember 1-jétől a PTE BTK Történettudományi Intézete keretében végzik munkájukat, amely mintegy harminc munkatársával, s több mint 400 hallgatójával a BTK egyik legnagyobb intézete. Az egyesült intézetet az első tíz évben Dr. Fischer Ferenc vezette, akit 2018-ban Dr. Sashalmi Endre, majd 2021-től Vitári Zsolt követett.
Már az integrált intézet keretei között valósult meg a Kreatív történelem tanulmányi verseny, az Árkádia folyóirat, az Árkádia mesterkurzus életrehívása, képzési portfóliónk folyamatosan bővül, legújabb elemként az igazságügyi régészet szakirányú továbbképzési szakkal, angol nyelvű régészeti alap- és mesterképzéssel, illetve 2024-től angol nyelvű történelem mesterszakos képzéssel.
