A PTE ma már széles körben ismert címere elemeiben középkori eredetű. Az 1967-ben kezdődött ásatások napvilágra hoztak egy olyan épületet a pécsi Székesegyház és a várfal között, amely egyes vélemények szerint oktatási, egyetemi célokat is szolgálhatott. Megállapítható volt, hogy az építkezés a 14. század derekán zajlott, az építtető Vilmos püspök volt, akinek az egyetemalapításban fontos szerepe volt. Ha nem is a középkori egyetem, de a püspök címerkövét találta meg Sándor Mária régész. A képen is látható címer Fedeles Tamás leírásában így hangzik:
A csücskös talpú pajzs alakú címerkő mezejében egy, a kőlap síkjából kiemelkedő, szárainak végénél kifelé hajló, a pajzs széleit érintő kereszt látható. A kereszt szárainak metszéspontjában két egymásra helyezett kulcsot, Szent Péter apostolfejedelem, a pécsi székesegyház védőszentjének attribútumát, míg a kereszt négy szárának végén egy-egy Anjou liliomot ábrázoltak.
A mai címer évszám nélküli változatát a Janus Pannonius Tudományegyetem használta az 1990-es évektől, mai változatát a 2000-es integráció óta használjuk. Hivatalos leírása:
Az Egyetem címere: a címerpajzs és az Egyetem körbefoglalt latin neve, valamint a pajzs mellett elhelyezkedő alapítási évszám. A címer pajzs alakú, a címerkövön levő kereszt szárainak végén egy-egy Anjou-liliom van, a kereszt szárainak metszéspontjában a Szentszéket jelképező egymásra keresztbe helyezett kulcs látható.
