Az egyes karok jelvényei: a kereszt (Evangélikus Hittudományi Kar), paragrafus (Jog- és Államtudományi Kar), kígyó tállal (Orvostudományi Kar), illetve a bagoly (Bölcsészet-, Nyelv- és Történettudományi Kar) az ún. rektori és dékáni „pedelusbotokon” (jogarokon) jelentek meg.

A PTE ma már széles körben ismert címere elemeiben középkori eredetű. Az 1967-ben kezdődött ásatások napvilágra hoztak egy olyan épületet a pécsi Székesegyház és a várfal között, amely egyes vélemények szerint oktatási, egyetemi célokat is szolgálhatott. Megállapítható volt, hogy az építkezés a 14. század derekán zajlott, az építtető Vilmos püspök volt, akinek az egyetemalapításban fontos szerepe volt. Ha nem is a középkori egyetem, de a püspök címerkövét találta meg Sándor Mária régész. A képen is látható címer Fedeles Tamás leírásában így hangzik:

Osztatlan tanárképzés

• Angol nyelv és kultúra tanára
• Hon- és népismerettanár
• Magyartanár
  • Irodalom